lncRNA的这个机制一般只出高分文章

Original 2017-10-18 师兄小张聊科研

当遇到lncRNA和miRNA表达一致的情况，也许你离高分文章已经不远了，一起看看人家是怎么发29分文章的。

这篇文章来自于四军大西京医院的消化内科专家樊代明院士，樊教授实验室也是非编码RNA方向的大牛。

miRNA和耐药

咱们进入正题，这篇文章讲的是lncRNA产生miR-100和miR-125b，然后miRNA cluster介导了Wnt信号通路促进了癌细胞对Cetuximab的耐药机制。

在这里面还有一个亮点就是“miRNA cluster”（microRNA研究的几种新模式……）

下游的miRNA→Wnt→耐药，还好说，看看作者如何发现lncRNA产生miRNA的。

1. Cetuximab耐药

西妥昔单抗，是IgG1单克隆抗体药，分子靶点为表皮生长因子受体（EGFR），通过结合EGFR，抑制癌细胞的增殖、血管生成、细胞运动、细胞的入侵及转移等。

2. 全转录本RNA-seq寻找耐药相关基因

既然是研究耐药相关的转录本，准备好耐药结肠癌细胞株+对照组，RNA-seq筛查到141个转录本上调，220个转录本下调，其中7个miRNA上调，24个miRNA下调。

3. LncRNAMIR100HG作为miRNA cluster的前体

有趣的是，lncRNA MIR100HG以及miR-125b以及miR-100是转录本中上调高的。结果一看序列，发现MIR100HG里面含有这俩miRNA的序列！

4. miR-125b、miR-100介导耐药

文章接下来就是围绕了miR-125b和miR-100的体外、体外功能实验了。作者分别过表达、敲减miRNAs，发现只有当miR-125b/miR-100组合时，能最大化介导癌细胞耐药的能力。

5. miRNA cluster→DKK1、3→Wnt通路

重新来看RNA-seq数据，miRNA的靶标肯定是下调的基因，DKK1和DKK3被下调了30多倍，它们是Wnt/β-catenin的抑制剂，其被激活后介导了耐药的机制。

microRNA cluster是指基因组位置上比较靠近（比如1Kb）的一些microRNA。最常见的就是mir-17-92簇：

关于microRNA cluster，我们可以通过mirbase进行查询（mirbase：http://www.mirbase.org/）

国自然项目中还未发现lncRNA作为前体产生miRNA的项目，但在pubmed中发现这种机制的文章都是10+分的文章，想发大文章的童鞋可以考虑考虑这个方向。

Identification of mammalian microRNA host genes and transcription units. Genome Res.
The H19 lincRNA is a developmental reservoir of miR-675 that suppresses growth and Igf1r. Nat. Cell Biol
LincRNAs MONC and MIR100HG act as oncogenes in acute megakaryoblastic leukemia. Mol. Cancer
miR-31 and its host gene lncRNA LOC554202 are regulated by promoter hypermethylation in triple-negative breast cancer. Mol. Cancer